法定层面，二手商铺交易税费有明确的缴纳主体，买方主要承担契税(3%)、权证印花税、登记费、交易手续费等;卖方主要承担增值税及附加、个人所得税、土地增值税等，印花税通常双方各0.05%。

买卖双方应该在合同中如何约定税费承担方式

1、明确法定纳税主体与约定效力边界，合同可约定最终承担方，但不能改变税法规定的纳税义务人，该约定仅对双方有效，不得对抗税务机关征税权，也不得用于规避税费。

2、完整列明税费种类，包括契税、增值税及附加、个人所得税、土地增值税、印花税、交易手续费、登记费、评估费等，避免“一切税费”等模糊表述，注明“包括但不限于”以防遗漏。

3、清晰约定承担方式，可选择法定各自承担、一方全包、按税种/比例分担等，例如“契税由买方承担，增值税及附加、个人所得税由卖方承担”或“本次交易所有税费均由买方承担”。

4、明确税费计算方式与基数，注明按成交价或评估价(孰高)计税，标注各税种税率、核定/差额计税规则，以及减免条件与责任归属。

5、约定税费缴纳时间节点，如网签后X日内、过户前X日完成缴纳，明确申报、缴费、开票的责任方与流程，避免逾期产生滞纳金。

6、约定政策变动处理，若因税收政策调整导致税费增减，明确新增税费由约定方承担或双方按比例分担。

7、明确违约责任，未按时缴纳税费的，按日支付应缴税额X‰的违约金，造成对方损失的需全额赔偿，同时约定税费垫付与追偿机制。

8、注明发票与凭证要求，卖方需开具合法有效发票，税费凭证由缴费方留存，作为结算与维权依据。

9、约定争议解决方式，税费争议优先协商，协商不成可申请仲裁或向房屋所在地法院起诉，明确检测/鉴定费用由责任方承担。

10、合同未约定时，默认按法定主体各自承担税费，双方可签订补充协议进一步明确，补充协议与主合同具有同等法律效力。