在处理农产品收购发票的入账问题时，我们首先需要了解如何正确计算进项税额。根据《财政部税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税[2017]37号)，我们可以得知以下信息：

当企业取得（开具）农产品销售发票或收购发票时，应按照农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率来计算进项税额。计算公式为：进项税额=买价×扣除率。这意味着，如果企业购买了价值10,000元的农产品，那么其可以抵扣的进项税额就是1,100元（即10,000元×11%）。

此外，对于纳税人购进的农产品，原适用10%扣除率的，现在扣除率已经调整为9%。这意味着，如果企业购买了价值10,000元的农产品，那么其可以抵扣的进项税额就是900元（即10,000元×9%）。

另外，如果纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，那么他们可以按照10%的扣除率来计算进项税额。也就是说，如果企业购买了价值10,000元的农产品，用于生产或者委托加工13%税率货物，那么其可以抵扣的进项税额就是1,000元（即10,000元×10%）。

因此，企业在处理农产品收购发票的入账问题时，需要根据具体情况来确定如何计算进项税额。同时，也需要关注相关政策的变化，以便及时调整自己的会计处理方式。