在处理农产品收购的税务时，需根据发票金额计算进项税额。若这些农产品将用于进一步加工，则适用的扣除率为10%，而如果它们是购入后直接销售的，则扣除率调整为9%。具体的会计分录应遵循以下步骤：

首先，记录库存商品的增加，

其次，记录应交税费中增值税进项税额的相应增加，

最后，根据支付方式的不同，记录银行存款或库存现金的减少。