工程施工企业在处理运费账务时，会根据运输的货物类型将其计入不同的会计科目。具体的处理方式如下：
首先，如果运输的货物是原材料，那么这部分运费将被记入“原材料”科目。这是因为原材料是建筑工程的基础，其价值直接影响到工程的成本。
其次，如果运输的货物是周转材料，那么这部分运费将被记入“周转材料”科目。周转材料是指企业在生产过程中不断使用、消耗，但不构成产品实体的材料，如模板、脚手架等。
再次，如果运输的货物是固定资产，那么这部分运费将被记入“固定资产”科目。固定资产是指企业为了生产商品、提供劳务、出租或经营管理而持有的，使用寿命超过一个会计年度的有形资产。
此外，无论运输的货物是什么，都需要支付增值税。因此，运费的一部分将被记入“应交税费-应交增值税-进项税额”科目。
最后，运费的支付通常会通过银行存款或应付账款等方式进行，这部分费用将被记入相应的科目。
工程施工是建筑安装企业归集核算工程成本的会计核算专用科目，是根据建设工程设计文件的要求，对建设工程进行新建、扩建、改建的活动。工程施工下设人工费、材料费、机械费、其他直接费等四个明细。这些费用的准确计算和合理分配，对于保证工程的质量和控制成本具有重要的意义。