在处理旅游公司差额纳税开票的过程中，首先需要在开票软件中选择“差额开票”选项。接下来，输入实际收到的金额作为收款金额，然后输入相应的成本金额。之后，根据适用的税率，系统会自动计算出应缴纳的税款。

对于采用差额计算销售额的纳税人而言，他们向旅游服务购买方收取并支付的相关费用是可以扣除的。然而，这些费用不能开具增值税专用发票，而只能开具普通发票。

根据现行政策规定，适用差额征税办法缴纳增值税的纳税人，如果不得全额开具增值税发票（除非财政部、税务总局另有规定），那么无论是纳税人自行开具还是税务机关代开的增值税发票，都应当通过新系统中的差额征税开票功能进行操作。在此过程中，需要录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统将自动计算税额和不含税金额。此外，备注栏会自动打印出“差额征税”字样。需要注意的是，发票开具时不应与其他应税行为混开。