在处理小规模纳税人的增值税减免问题时，需要遵循一定的账务操作流程。具体步骤如下：

首先，当发生收入业务时，应进行以下会计分录：

借：应收账款等，

贷：主营业务收入，

贷：应交税费-应交增值税，

其次，在季度末确认不需要缴纳增值税的情况下，需执行以下会计处理：

借：应交税费-应交增值税，

贷：营业外收入。

根据财税[2019]13号文件的规定，财政部和税务总局对小微企业实施了普惠性的税收减免政策。该通知明确指出，对于月销售额不超过10万元的增值税小规模纳税人，可以免征增值税。