当企业收到的发票金额超过预付款时，通常需要采取适当的会计处理措施。理想情况下，应要求供应商提供正确数额的发票或进行红冲发票操作，以确保账目与实际支付金额相符。然而，在实际操作中，有时会遇到发票金额仅比预付款高出微小差额（如一分钱）的情况。

在这种情况下，企业可能会选择直接按照实际支付的金额记录账务，而忽略多出的那部分发票金额。但若涉及增值税专用发票，则需考虑进项税额的问题。建议在这种情况下，根据发票上的全部金额进行入账处理。如果经过年底审计后确认这部分多出的金额不会退还给供应商，则可以将此部分作为营业外收入结转至当期利润表中。