当纳税人发现自己多缴了税款时，可以选择向税务机关申请退税或在下个月进行抵扣。但无论采取哪种方式，都需要事先向税务机关报告。具体的处理流程和要求，需要与当地主管税务机关核实确认。

如果发现过去的申报数据存在错误，或者有部分员工未被正确申报，那么就需要对这些情况进行更正申报。纳税人和扣缴义务人在完成纳税申报后，如果发现申报表有误，应当立即进行修改和更正。在更正申报时，需要全员全额申报，并按照差额进行扣款。

一旦申报错误得到更正，并且涉及到补缴税款的情况，根据相关规定，还需要按规定加收滞纳金。为了办理相关流程，纳税人需要提供收入凭证等相关资料，前往办税服务厅或者通过网上办税服务厅进行处理。