增值税在线申报系统的年费通常为280元，这一费用可以完全抵扣增值税，并计入管理费用中。具体的账务处理方式如下：

首先，根据实际支付或应付的金额进行会计分录：

借：管理费用，

贷：银行存款。

接着，对于按规定可以抵减的增值税应纳税额，一般纳税人的会计处理是：

借：应交税费—应交增值税（减免税款），

贷：管理费用。

最后，针对小规模纳税人而言，其规定抵减的增值税应纳税额的会计处理如下：

借：应交税费—应交增值税，

贷：管理费用。