根据《国家税务总局关于推进三证合一进一步完善税源管理有关问题的通知》（税总函〔2015〕645号）规定：四、对于改革前已经领取税务登记证的存量企业，发生变更，取得18位统一社会信用代码后，原发票专用章、CA证书、财税库银协议继续使用，保留原法律效力。涉及代码变更事宜，由税务机关商有关部门统一办理。

如果纳税人识别号与发票专用章不一致是这种原因，是可以继续使用的，如果不是，就不能使用。