1、首先，企业需要登录自然人税收管理系统。在系统中，点击“综合所得申报”，然后选择“全年一次性资金收入”选项。

2、接下来，输入员工的姓名和身份证号，并录入全年一次性资金收入的金额。完成这些步骤后，点击“保存”按钮以确认信息。

3、进入年终奖申报界面后，点击“税款计算”按钮。系统将显示应交的个人所得税金额。仔细核对无误后，点击“返回”按钮继续下一步操作。

4、如果纳税人有其他需要扣除的项目，可以点击附表填写相关信息。如果没有其他需要扣除的项目，直接点击“申报表报送”按钮即可完成整个流程。