增值税发票综合服务平台认证抵扣流程如下：

1. 插入金税盘或税控盘、UKEY，并打开发票勾选平台。输入密码后点击登录。

2. 在平台上勾选进项发票。完成勾选后，点击“抵扣勾选”，然后选择“抵扣勾选统计”。

3. 接下来，点击“申请统计”以提交您的申请。

4. 点击“统计查询”查看相关数据。

5. 之后，请点击“确认签名”进行下一步操作。

6. 输入您的证书密码，然后点击确定。

7. 页面将显示确认签名的信息，表示您已完成所有步骤。