存在一些争议，通常的做法是从系统开始，但文件中并未详细说明。

根据《国家税务总局关于修订 的通知》(国税发〔2006〕156号)第十二条的规定，一般纳税人销售货物或者提供应税劳务时可以汇总开具专用发票。如果选择汇总开具专用发票，则需要同时使用防伪税控系统开具销售货物或提供应税劳务清单，并加盖发票专用章。

然而，有些地方明确要求必须通过系统操作，例如辽宁省。建议咨询当地的税务局以获取更多信息。