高速公路通行费发票与财政票据存在显著差异。

首先，高速公路通行费发票是由税务局监制的，可以在增值税综合服务平台上勾选抵扣进项税额。这种发票是通过增值税开票系统开具的，车主可以自行下载软件并打印。

相比之下，财政票据则是由财政部门监制的，不能用于抵扣进项税额。此外，财政票据是定额的，在收费站时由收费人员直接打印给车主。