首先，在抵扣平台上进行勾选操作，依据收到的纸质发票进行勾选并提交确认。接着，在电子税务局系统中填写附表二，具体步骤如下：

1. 在第二栏次中，选择“本期认证相符且本期申报抵扣”。 2. 系统会自动将这一数据带入增值税申报表的主表中。 3. 然后，在主表的第12栏填写进项税额。 4. 最后，用该进项税额抵减本期的销项税额即可完成整个流程。