在处理过路费抵扣的发票核算时，根据《财政部税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》(财税〔2017〕90号)的规定，从2018年1月1日起，纳税人支付的道路、桥梁以及水闸通行费，将按照特定规则进行进项税额的抵扣。

首先，对于道路通行费而言，其进项税额的抵扣依据收费公路上开具的增值税电子普通发票上的增值税额来进行。这意味着，当纳税人支付此类费用时，他们需要确保收到相应的电子发票，以便准确计算和抵扣进项税额。

其次，对于高速公路通行费，如果在2018年1月1日至6月30日期间未能获取到增值税电子普通发票，则允许使用其他类型的通行费发票来计算可抵扣的进项税额。具体计算公式为：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1 3%)×3%。这一规定为那些暂时无法获取增值税电子普通发票的纳税人提供了一定的灵活性。

最后，针对一级和二级公路通行费的情况，同样地，如果在2018年全年内未能取得增值税电子普通发票，纳税人也可以依据实际收到的通行费发票来按比例计算抵扣进项税额。这里的计算公式是：一级、二级公路通行费可抵扣进项税额=一级、二级公路通行费发票上注明的金额÷(1 5%)×5%。这样的安排旨在确保所有类型的公路通行费都能被合理地纳入到税收抵扣体系中去。