《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收个人所得税问题的通知》明确规定，自2000年1月1日起，个人独资企业和合伙企业将不再征收企业所得税，而是按照个体工商户的生产经营所得来征收个人所得税。此前，关于企业所得税由国税还是地税管理的问题存在争议，而个人所得税则明确属于地方税务机关的征收管理范畴。因此，在计算个人所得税时，个人独资企业只需向当地的地方税务机关进行申报和缴纳。
然而，随着国税地税的合并，这一流程也发生了变化。现在，无论是个人所得税还是企业所得税，都可以向国家税务机关进行申报。这一变革简化了企业的税务申报流程，提高了效率。