当一般纳税人单位购买农产品并收到农产品发票时，需要记录农产品加计扣除的分录。具体操作如下：
1. 借：原材料 2. 应交税费—应交增值税（进项税额） 3. 贷：银行存款等科目
需要注意的是，可加计扣除的进项税额等于原材料成本乘以1%。这意味着，如果原材料成本为100元，那么可加计扣除的进项税额就是1元。
在实际操作中，企业应当根据具体情况进行会计处理，确保准确记录农产品加计扣除的相关信息。同时，企业还需要遵守相关税收政策和法规，确保税务合规。