公司对外投资，持有别的公司的股份，应该计入到长期股权投资科目进行核算。企业对其他单位的股权投资通常被视为长期持有，并希望通过这种投资方式达到控制被投资单位、施加重大影响或建立密切关系的目的，以分散经营风险。
在进行长期股权投资的核算时，需要使用特定的会计分录来记录这些交易。具体的分录如下：
首先，将资金从公司的银行存款或其他账户中转移到长期股权投资账户中。这意味着公司将一部分资金用于购买其他公司的股份。因此，会计分录的第一部分是借方，表示资产的增加。具体而言，借方应为“长期股权投资—XX公司”，其中XX代表被投资公司的名称。
其次，贷方表示资产的减少，即公司的资金减少。在这种情况下，资金减少的原因是用于购买其他公司的股份。因此，贷方应为“银行存款等”，表示公司从其银行账户或其他资金来源中减少了相应的金额。
通过以上会计分录，公司可以准确地记录其对外投资的情况，并将其纳入长期股权投资科目进行核算。这有助于企业管理和监督其对外投资活动，以及评估其对被投资单位的控制程度和影响力。
总之，公司对外投资持有其他公司的股份应计入长期股权投资科目进行核算。这一做法可以帮助企业实现长期持有、控制被投资单位、施加重大影响或建立密切关系的目标，并分散经营风险。通过正确的会计分录，公司可以准确记录其对外投资情况，从而更好地管理和监督其投资活动。