小规模纳税人开具专用发票的会计分录操作步骤如下：
1. 准备发票：首先，需填写发票代码、发票号码等相关信息。此外，还需准备发票及其附带的单据和凭证等。
2. 填写专票：接下来，将收入和费用分别填写在专用发票的税收分类编码栏内。
3. 准备会计凭证：根据发票内容，按照专票记账准则准备相应的会计凭证。
4. 录入账簿：根据会计凭证和发票，将发生的收入和费用分别录入账薄，并计算税额。
5. 开具发票：在发票上写明会计凭证号，填写收款单位等信息，完成发票开具工作。
6. 保存账簿：将账薄的明细和总账记录保存，以备专票审核时作为证据凭证。
在开具发票过程中，需要注意以下几点：
1. 确保专票的发票代码、发票号码以及税收分类编码准确无误，以保证按税务机关规定应开票内容和金额进行开具。
2. 发票无误后，在财务登记单上正确记录发票信息，以便日后管理查验。
3. 最后需要结算缴税，税务机关核实发票信息后，按税务手续完成缴税。