跨区域涉税事项报告表是不能作废的，如果企业在填写跨区域涉税事项报表时发现填写错误的，可以重新申请一张正确的外经证，然后去工程所在地税务局报备的时候，将两份报表都提交给税务局，让税务局的人帮忙注销其中的一张即可。