作废发票的处理方法包括以下几点：
1. 如果作废发票是增值税发票，应当按照《增值税发票管理办法》规定，由发票开具方按照规定的格式制作作废发票。
2. 作废的发票应当贴上“作废”标记，由发票开具方凭附有有效的发票作废凭证，可以申请税务机关补开发票。
3. 发票开具方应当将作废发票存放到特定的存放点，确保发票的安全存放，以备税务机关查验。
4. 依据税务机关的要求，发票开具方应每月定期将作废发票销毁，同时提供有关的资料，证明作废发票的真实性。
5. 作废发票应当存档保存，一般为5年，以供税务机关查验使用。
拓展知识：作废发票虽然仍然属于有效发票，但在发票的有效使用上，已经失去作用。因此，发票开具方应当妥善处理作废发票，防止作废发票被滥用，对发票开具方造成不必要的损失。