企业应付职工薪酬期末余额为负数一般是有其他几方面的原因，

1、计算错误。计提的金额没有实际发放的金额多。

2、企业没有计提职工工资，但是有实际支付，所以造成账面上多支付了。

3、企业有预支给员工工资。