公司奖励给部门的奖金，在公司的账务上应该计入到管理费用—工资科目，如果奖金最终还是留存在企业的部门，并没有发放给员工，则不能税前扣除，也不用计算缴纳个税。如果部门将这部分奖金分发给了公司员工，则应该代扣代缴个人所得税。