在处理小规模纳税人开具5%税率的普通发票时，通常涉及不动产租赁或转让业务。企业在申报增值税时，应将不含税收入填写在《增值税纳税申报表》的第4行，即“应征增值税不含税销售额（5%征收率）”栏目中。若发票是由税务机关代开的，还需在第5行进行相应填报；如果是企业自行开具的发票，则需要在第6行进行记录。