在处理非营利组织的会计科目时，必须遵循《民间非营利组织会计制度》，这一制度与事业单位的会计制度相似，主要分类为资产、负债、净资产、收入和支出。值得注意的是，该制度的会计科目与企业会计准则存在一些差异（民非组织会计制度可在线上获取）。财务处理方面，有几个关键区别：
1. 非营利组织没有实收资本的概念。收到的投资或捐赠款项直接记入相应的收入科目，包括捐赠收入、会费收入、政府补助收入、提供服务收入、商品销售收入、投资收益和其他收入等。
2. 支出的分类不像企业那样详细。与业务相关的支出计入“业务活动成本”，与管理相关的支出计入“管理费用”（可以设置明细科目）；“财务费用”在非营利机构中称为“筹资费用”；难以归类的支出则记入“其他费用”。
3. 期末结转净资产。净资产分为“非限定性净资产”和“限定性净资产”。如果收到的货币指定了用途，则归为“限定性”，其余则为“非限定性”。
结转分录如下：
- 借：非限定性净资产。 - 贷：业务活动成本、管理费用等。 - 借：捐赠收入、会费收入、提供服务收入等。 - 贷：非限定性净资产。
其他科目的记账原则和使用与企业会计准则相同。
报表方面，非营利组织使用民间非营利组织会计报表，包括资产负债表、业务活动表和现金流量表。
如果非营利组织需要缴纳税款，通常是营业税。除了经营性收入（服务收入和销售产品收入）外，捐赠、会费、政府补助等收入都是免税的。