发票金额与实际交易金额不符的情况可能由以下原因造成：

1、开票方为了简化流程，选择不处理零头部分的优惠，而不愿意通过开具红字发票来进行返利操作；

2、报销人员可能要求开票方故意提高发票金额，以便在报销时能够虚报费用。

在进行账务处理时，应按照实际支付的金额进行记录。如果发票上的金额高于实际支付的金额，则无需调整。相反，若发票金额低于实际支付金额，则需要补开发票以确保金额一致。

当发票上显示的金额与实际到账金额存在差异时，应根据实际发生的业务活动来确认入账金额。收款时的操作如下：

借记：银行存款（实际收到的资金），

财务费用/销售费用（扣除手续费后的净额），

贷记：应收账款（账面上记录的应收总额）。