专用发票与普通发票在多个方面存在显著差异。首先，从抵扣进项税额的角度看，增值税专用发票允许购货方依法申报认证抵扣进项税额，而普通发票则不允许。

其次，两者在印制要求上也有所不同。根据《税收征管法》第二十二条的规定，增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；而其他发票则由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经税务机关指定，不得印制发票。

此外，发票的内容也有所区别。增值税专用发票除了包含购买单位、销售单位、商品或服务的名称、数量、单价、价款等基本信息外，还额外包含了纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率和应纳增值税额等内容。相比之下，普通发票仅包含上述基本信息。

最后，在联次设置上，增值税专用发票有四个联次和七个联次两种形式。第一联为存根联，用于留存备查；第二联为发票联，供购买方记账使用；第三联为抵扣联，用作购买方扣税凭证；第四联为记账联，供销售方记账使用。七联次的其他三联则作为备用联，分别用于企业出门证、检查和仓库留存。普通发票一般只有两联，即第一联为存根联，第二联为发票联。