企业会计凭据的销毁流程如下：

1、本单位档案机构需与会计机构共同提出销毁意见，并编制销毁清册。该清册应详细列明所要销毁的会计凭证的名称、卷号、册数、起止年度、档案编号、应保管期限、已保管期限以及销毁的具体时间等信息。

2、单位负责人须在销毁清册上签署明确的意见。

3、进行销毁时，档案机构和会计机构应共同派遣人员进行监督，确保销毁过程的合规性。

4、监销人员在会计凭证销毁前，必须依据销毁清册所列内容对所要销毁的会计凭证进行清点核对；销毁完成后，应在销毁清册上签名盖章，并向单位负责人报告监销情况。