纳税人在申请设立分公司时，必须向市场监督管理局的工商部门提交一系列必要的文件。这些文件包括：
1. 公司法定代表人签署的《分公司登记申请书》。 2. 加盖公司公章的公司章程复印件。 3. 《指定代表或者共同委托代理人授权委托书》及指定代表或委托代理人的身份证件复印件。 4. 公司营业执照复印件。 5. 分公司营业场所使用证明。 6. 分公司负责人的任职文件及身份证件复印件。