在处理公司股东存入的备用金时，必须首先确认这笔资金是否属于投资款。如果确定不是投资款，则应将其视为往来账务进行管理。具体操作步骤如下：

当收到股东存入的款项时，

借方记录为银行存款，

贷方记录为其他应付款—股东。

在实际使用这笔资金时，

借方记录为相关科目，

贷方记录为银行存款。

最后，在资金归还给股东时，

借方记录为其他应付款—股东，

贷方记录为银行存款。