当增值税专用发票的金额超过报销额度时，应遵循实际报销金额进行账务处理。鉴于专用发票的进项税额已全部认证，推荐的做法是：根据实际报销的比例抵扣相应的进项税额，对于超出部分，则需做进项税额转出处理。