当总分公司进行独立核算时，若它们之间发生业务往来，应按照正常的经营流程进行账务处理。因此，总公司在收到分公司提供的增值税专用发票后，可直接将其用于抵扣。

具体会计分录如下：

借：库存商品等，

应交税费—应交增值税（进项税额），

贷：应付账款—分公司。