当企业已付款但对方未开具发票时，首先应与对方进行沟通。如果沟通未能取得进展，可以向税务机关投诉。根据我国税收征收管理法的规定，税务机关是发票的主管机关，对拒不开具发票的行为，权利遭受侵害的一方当事人可向税务部门投诉，由税务部门依照税收法律法规处理。此外，发票管理办法也规定，对拒不开票的义务人，税务管理机关可责令开票义务人限期改正，没收其非法所得，并可处以罚款。