实际上，两者在操作上有许多相似之处。

自行开具增值税专用发票的情形：

如果您选择自行开具增值税专用发票，根据《国家税务总局关于修改 的决定》(国家税务总局令第37号 )第二十八条的规定，需要在发票的发票联和抵扣联上加盖本单位的发票专用章。

由税务机关代开增值税专用发票的情形：

如果您选择申请由税务机关代开增值税专用发票（非自开专票小规模纳税人可申请代开），根据《国家税务总局关于印发 的通知》(国税发〔2004〕153号 )第十一条的要求，增值税纳税人应在代开专用发票的备注栏上加盖本单位的财务专用章或发票专用章。此外，根据《国家税务总局关于修改 的决定》(国家税务总局令第37号 )第二十八条，还需在发票的发票联和抵扣联上加盖本单位的发票专用章。因此，代开增值税专用发票应由代开企业在代开的增值税专用发票发票联和抵扣联的备注栏上加盖本单位的发票专用章。

无论是自行开具还是由税务机关代开的增值税专用发票，均需要在发票联和抵扣联上加盖本单位的发票专用章。