小规模纳税人在税务局代开的专用发票，在特定情况下是可以作废的。

首先，当小规模纳税人在代开专用发票过程中遇到销货退回、销售折让以及发票填开错误等情况时，如果能够退回代开专用发票的全部联次，并且退票行为发生在开票当月内，税务机关是有权对已开具的专用发票进行作废处理的。

其次，需要注意的是，如果在未收回专用发票抵扣联及发票联的情况下，或者虽然已经收回了专用发票抵扣联及发票联，但购货方已经将专用发票抵扣联报送至税务机关认证的情况下，那么无论何种原因，都一律不得作废已经开具的专用发票。