分公司的独立核算与非独立核算在企业所得税的计算上存在显著差异。

具体来说，独立核算的分公司需要根据其利润表上的收入、成本和利润总额数据来填写并申报企业所得税。计算公式为：企业所得税=利润总额*所得税税率。

而对于非独立核算的分公司，其企业所得税则是根据总公司的分配结果来进行填写和申报。这意味着，这部分分公司的利润并不直接反映在其自身的税表中，而是通过总公司的分配来确定其应缴的税款。