1、税务稽查的主体是税务专业稽查机构。税收检查的主体可以是各类税务机关。

2、税收检查的对象可以是所有的纳税人和扣缴义务人，而税务稽查的对象是依据举报或科学选案而确定的有涉嫌违法行为的纳税人、扣缴义务人。

3、税收检查的程序相对简单，而税务稽查必须根据国家税务总局制定的《税务稽查工作规程》，经过选案、实施、审理、执行4个环节。