在处理混合销售业务时，企业必须根据不同业务类型来确认适用的税率，并开具相应税率的发票。若企业未对各项业务进行独立核算，应选择较高的税率进行计税。例如，当企业销售商品且未单独计算运输费用时，需按13%的最高税率计税。相反，如果商品与运费能够分别核算，则商品部分按照13%的税率计税，而运费部分则按9%的税率计税。