合伙企业在进行上市公司股票转让时，必须缴纳增值税。依据财税2016年36号文件的规定，该类交易应按“金融服务-金融商品转让”项目来计征增值税，并适用相应的税率。具体而言，如果企业被归类为小规模纳税人，则适用的增值税税率为3%；反之，若为一般纳税人，则需按照6%的税率进行缴纳。计算应纳税额时，应以卖出价减去买入价后的差额作为销售额。