在税务处理中，如果分公司被认定为独立核算的纳税人，那么它必须建立独立的账簿系统，并对自身的财务活动进行完整的会计记录。这意味着分公司需要按照国家税法规定，向所在地税务机关提交增值税及所得税的申报表，并依法缴纳相应税费。

独立核算的概念涵盖了对企业所有经营活动及其产生的经济效果进行全面而细致的财务分析与评估。当一个分支机构如分公司达到这一标准时，它便具备了作为独立纳税主体的条件。在这种情况下，该分公司应当单独计算其应纳税所得额，并依据其所在地区的具体税率来履行企业所得税的缴纳义务。