年末应付职工薪酬科目可能会有余额，这并不违反规定。

在计提工资时，会计分录如下：

借：管理费用等科目，

贷：应付职工薪酬—工资。

当发放工资时，会计分录为：

借：应付职工薪酬—工资，

贷：银行存款等科目。

如果还有未支付的工资或福利费，那么年末应付职工薪酬科目就会有余额。