支票支付与网银支付在操作流程上存在显著差异。网银付款是指通过网上银行进行款项划拨和支付，款项会直接从公司账户转入到对方账户，无需对方再次处理。而支票支付则需要企业前往银行购买支票，然后由企业填开支票。收款方需要拿着支票到银行填写相关单据以完成收款。对于带期限的支票，收款方还需等待支票到期后才能收到款项。