企业在发行股票时支付的手续费，如果是溢价发行股票的情况下，这部分费用应当从股票的溢价收入中扣除。具体来说，这些手续费会直接冲减资本公积中的股本溢价部分。如果公司是平价或折价发行股票，或者溢价金额不足以覆盖所有手续费，那么未被抵扣的部分则需进一步冲减到盈余公积和未分配利润中。