在处理分公司与总公司在同一地区的财务往来时，必须严格遵守税务规定。如果两者之间没有进行任何交易或服务交换，那么按照法律要求，它们之间是不能互开发票的。

然而，当分公司与总公司在同一地区存在实际的交易行为或服务提供时，根据相关税法，它们是允许相互开具发票的。这种规定旨在确保所有商业活动的透明度和合法性，同时也便于税务机关对此类交易进行监管和审计。