企业处理跨月发票退回的流程涉及复杂的会计操作。当购货方发现已认证的发票存在问题时，需由购买方向税务机关申请红字发票信息表。销售方根据该信息表开具红字发票，并重新出具正确的发票。反之，若发票未被认证，则销售方直接申请红字发票信息表并开具相应红字发票。
在执行红字发票操作后，销售方必须进行相应的会计分录以冲减之前的收入记录。具体分录为：
借：银行存款/应收账款（红字）， 贷：主营业务收入 （红字）， 贷：应交税费—应交增值税(销项税额)（红字）。
与此同时，购货方需要对进项税额进行转出处理，其会计分录如下：
借：原材料/库存商品 （红字）， 借：应交税费—应交增值税（进项税额转出） （红字）， 贷：银行存款/应收账款 （红字）。