金税三期个税申报操作步骤如下：
1. 首先，需要使用金税三期个人所得税扣缴系统。这是每个公司每月都必须使用的软件，无论员工是否需要缴税，都必须进行申报。
2. 打开金税三期软件后，进入首页。在首页上，需要进行人员登记。该软件提供了“增加”、“删除”和“修改”等功能，可以根据需要进行操作。
3. 点击“增加”按钮，在弹出的窗口中填写相关信息，并保存即可完成人员登记。完成人员登记后，回到首页，点击“报表填写”，即工资表。
4. 如果之前已经做过相关的工作，可以直接导入前月的数据。如果没有做过，则需要点击“导入人员信息”，输入每个人的工资信息。完成后，点击“报送”，发送申报。当所有的数据都变成绿色时，就表示已经完成了申报。