当企业购买原材料或库存商品时，如果收到物流公司开具的发票，并且外购货物用于增值税应税项目，且取得的是增值税专用发票，那么可以依据该发票抵扣运费的进项税额。反之，如果没有取得增值税专用发票，则无法抵扣运费的进项税额。

对于公司支付的进货运费，这部分费用会被计入采购货物的成本中。相应的会计分录为：

借：库存商品/原材料，

借：应交税费—应交增值税（进项税额），

贷：银行存款/应付账款。