个人独资企业的个人所得税税款，按照年度进行计算，并可选择按月或按季预缴。投资者可以通过自然人税收管理系统扣缴客户端在每月或每季度结束后的7天内完成预缴。年度结束后的30天内，投资者需向主管税务机关提交《个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税申报表》，同时附上年度会计决算报表和预缴个人所得税纳税凭证。年度结束后的3个月内，将进行汇算清缴，根据实际缴纳情况多退少补。