总公司签订的工程施工合同，其印花税的计算方式为合同金额乘以万分之三。根据《印花税暂行条例》的规定，合同双方应在各自所在地的税务管理部门全额贴花或计算缴纳印花税。具体来说，印花税的缴纳方法有三种：“自行贴花、汇贴汇缴和委托代征”。这三种方法的选择依据税额大小、应税项目纳税次数以及税源控管的需要而定。

值得注意的是，印花税应税凭证必须在书立、领受时即行贴花完税，不得延至凭证生效日期才进行操作。这一规定确保了印花税的及时缴纳，有利于税务机关对税源的有效控制和管理。